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Élimination des résidus
L'antibiothérapie aboutit inévitablement à la présence de résidus d'antibiotiques qui pénètrent dans l'environnement, par exemple via du fumier utilisé pour fertiliser les champs. Ces résidus peuvent entraîner une sélection de la résistance aux antibiotiques ou une propagation dans les bactéries de l'environnement, même à de très faibles concentrations. Ces bactéries environnementales sont alors capables de transférer leur résistance aux bactéries pathogènes.
Les déchets contaminés par des résidus d'antibiotiques (matières fécales, litière, lait, etc.) doivent être isolés, collectés et traités pour les inactiver avant leur élimination.